En Java darle a la X no hace nada, o no deberia, a no ser que le hayas asignado un evento, asi que algo le debes estar haciendo para que se cierre.
De hecho una de las primeras cosas que pasa al hacer un programa en Java es que la gente se olvida de asignar un evento a la X y luego no pueden "cerrarla"
.
Quiza con algo de codigo, por que asi adivinando.. es dificil.