Puedes usar la función:
set_time_limit()
www.php.net/set_time_limit
El uso de esta función ajusta el tiempo de ejecución para el script en curso (usala al principio del mismo) .. Muchos proveedores (o mejor dicho en configuración de PHP sobre todo "safe mode" o si lo desactivan a mano ..) limitan el uso de esta función ... (por si no te funciona).
Un saludo,