Eliminar primera particion conservando el arranque

[antirco]

Tenía un disco duro de 40 GB con dos particiones primarias, la primera formateada FAT32 y la segunda NTFS, en la primera de arranque tenia el boot.ini donde escogía el sistema operativo a iniciar.
El caso es que el disco se me hacia ya pequeño y he comprado uno de 160 GB.
He utilizado Ghost para copiar el disco viejo al nuevo.
Al iniciar con el nuevo disco de 160 GB todo me va correcto, lee el boot.ini y si escojo windows xp inicia correcto y todo está en su sitio como antes.
El problema es al escoger iniciar con windows 98, que si entro a modo prueba de fallos entra bien pero a modo normal no inicia windows pues no encuentra el archivo KRML386.EXE .
Curiosamente si también conecto el antiguo disco de 40 GB entonces si arranca desde el de 160 GB, creo que es porque hay archivos que ghost no ha llegado a transferir. Ya no se que hacer.
He pensado en eliminar la partición primera y quedarme solo con la de NTFS que es donde tengo windows XP pero no sé como hacerlo pues en la primera partición que es FAT32 esta el arranque del disco.

Alguien podría guiarme ¿

Gracias