Tienes un cliente ftp? si no puedes poner en el explorador de windows
ftp://tuusuariodelycos:tucontraseñ[email protected]
y te va a abrir el directorio de tu web, ahora solo copias y pegas la carpeta y se subira como son muchos archivos tal vez se tarde, y si no funciona puedes bajarte el cute ftp
http://www.cuteftp.com/cuteftp
es una version de prueba pero igual te sirve