Eso se puede hacer, tranquilamente, pero ni siquiera es necesario Javascript.
Si vos ponés dos inputs de tipo submit el único que se va a envíar es el que se uso para envíar el formulario, por ejemplo
<input type="submit" name="submit1" value="1" />
<input type="submit" name="submit2" value="1" />
Si lo procesas sólo uno de los botones es envíado, en PHP sería
Código PHP:
if ($_POST['submit1'] == 1) {
// una accion
} elseif ($_POST['submit2'] == 1) {
// otra acción
}
Si deseás hacerlo con javascript, podrías crear un input de tipo hidden y a los botones adjuntarle el evento onclick y que le asignen un valor distinto al mismo hidden