Acentos y caracteres especiales al crear PDF con servlets

[apokalychys]

Hola, he desarrollado un sitio Web con JSP que se despliega en Tomcat y que es capaz de generar dinámicamente documentos en formato PDF mediante la librería fop. El mecanismo es el siguiente: se recuperan los datos que interesan de una base de datos en MySQL, un servlet se encarga de generar un documento XML y de aplicarle una hoja de estilos XSL:FO y el flujo resultante se vuelca en el navegador en forma de application/pdf. El resultado, si se prueba en un servidor en Windows es que va bien, pero usando Ubuntu los caracteres con tildes no aparecen correctamente.
Hay varias cosas que me tienen despistado:
1) Los títulos del PDF en Ubuntu sí aparecen bien, por lo que no puede ser problema de la codificación del XSL (la famosa "iso-8859-1").
2) La base de datos MySQL en Ubuntu lo almacena bien, porque antes de sacar el PDF lo mustro por pantalla en una JSP y se recuperan perfectamente los datos.
3) El lenguaje en el Ubuntu también está bien configurado porque la consola muestra perfectamente todas las tildes.
4) ¿Por qué en Windows va bien y no tengo webs de hacer que vaya bien en Ubuntu???

Gracias de antemano por vuestro tiempo!