...tu duda no me suena a novato, en el ejemplo que brindas supongo es lo mismo que decir
www.misitio.com/ o
www.misitio.com/index.htm (en caso de index sea en htm) o
http://www.misitio.com/; etc. No pasa nada si te linkean de una u otra manera. Me refiero a penalizacion. Lo que no esta permitido es hacer spam como por ejemplo darle de alta en google todos estas direcciones mencionadas o mas aun, o incluso dominios "parqueados" y demas tecnicas. O duplicar contenidos de tal forma que rengas por ejemplo 50 paginas iguales en tu Sitio con el contenido tal cual.
Corrijanme si me equivoco.