He estado indagando por el foro y por lo visto no soy el único con este problema. Todo se debe al safe_mode, así que no hay mucho que hacer.
Estás son las lineas que crean mi directorio
Código:
mkdir($myDir, 0777);
chmod($myDir, 0777);
El chmdo() se lo aplico para evitar el error que da el umask() que viene por defecto.
En cuanto a las imagenes, las subo desde la misma aplicación php que crea el directorio ya que la idea es que cuando el cliente quiere subir una imagen se crea un directorio que las guarda.
En fin, creo que tendré que crear un directorio "upload" a mano para empujarle todas las imagenes dentro y ya las distinguiré mediante algun prefijo o algo así.
De todas formas si alguien se le ocurre como resolver este problemita con el mkdir() agradecería que me lo comunicara