En "un Clic", solo que te hagas una aplicación que lo haga específicamente.
La idea básica es que, debes conocer el formato y codec exactos de tu película de orígen y exportar en ese mismo formato y configuración... Y pues, si aprendemos algo de cómo funciona el video, aprenderemos que, son imágenes cuadro a cuadro y que si alteras algun cuadro, pues, debe recodificarlo, o más comunmente conocido como renderizarlo, y como son muchos cuadros en un video debe renderizar el video y eso lleva su tiempo... a menos que lo manejes de manera multicapa, como en Flash, en una capa metes el video, y en otra capa metes el logo, pero no sirve de nada porque de entrada codifica el video al importarlo y debe publicar para obtener el archivo de salida...
Moraleja, si alteras el contenido de un video debes aplicar un render.