Para crear aplicaciones de tipo "escritorio" con PHP puedes usar PHP-GTK (
http://gtk.php.net) .. pero ese tipo de aplicaciones igualmente son "interpretadas" (tienes que instalar en la máquina que ejecute tu aplicación el interprete de PHP-GTK).
Realmente PHP no está orientado a este tipo de aplicaciones .. lo digo más que nada por PHP-GTK y que sigue siendo interpretado. El punto a favor es que con PHP-GTK puedes hacer una aplicación que corra en S.O. Linux y Windows sin apenas cambios mientras que el "cliente" tenga instalado su correspondiente interprete (algo así como la "máquina virtual" de Java pero a otra escala).
PD: (por cierto tenemos un foro para tal tema .. visitalo)
Un saludo,