No entiendo, si pudiste con mkdir , no puedes con copy? es lo mismo. Un ejemplo:
Código PHP:
function crear(){
mkdir("/home/user/usuario", 0755);
$file = 'archivo.html';
$newfile = 'archivo.html';
copy($file, $newfile);
}
Puedes poner la ruta de tal forma que quede:
Código PHP:
copy($file, '/home/user/usuario/'.$newfile);
Saludos