No .. así como lo planteas no. Deberías especificar bien por qué protocolo te conectas!! .. hablas de "SSH" o de "Putty" .. eso son aplicaciones para conectarte a diferentes protocolos .. por ejemplo Putty conecta a servidores con acceso Telnet o SSH .. el "SSH" que comentas no sé si te referiras a algo como WinSCP? o a otro cliente para SSH
Pero si que puedes usar el protocolo SSH (o el Telnet) con PHP y enviar a ejecutar comandos vía la extensión adecuada que te aportará las funciones para manejar el protocolo SSH.
Revisa:
http://www.php.net/manual/en/ref.ssh2.php http://www.phpclasses.org/browse/package/2477.html
Un saludo,