Pues como bien has dicho debes guardar todos tus datos trás haberlos analizado con un buen antivirus y software antiespía. Luego cerciorate que dispones de todos los drivers necesarios(audio,tarjeta gráfica,etc...) y en caso contrario buscalos en la web del fabricante o en páginas como
www.driverguide.com Trás ello ya puedes formatear tranquilo. En cuanto a Windows Vista no te lo recomiendo, además de ser una versión beta exige unos requerimientos mínimos muy grandes, sólo para aportar una interfaz bonita. Me parece que XP sigue siendo la mejor opción(además de Linux).
Saludos.