En PHP se usaría str_replace()
Código PHP:
echo "<table border=1 class=aviso style=border-style:none;>";
while ($irow<$ilastrow) {
echo "<tr><td width=50 class=punteado>";
echo $campo=mysql_result($iquery,$irow,"codi");
echo "</td><td width=200 class=punteadoizq >";
$campo=mysql_result($iquery,$irow,"pobla");
$campo=str_replace("ñ", "ñ", $campo);
$campo=str_replace("ç", "ç", $campo);
echo $campo;
echo "</td></tr>";
//asi obtienes los datos de un campo
//repetir segun sea necesario
$irow++;
}
echo "</table>";