Lo que yo te sugiero es que revises el posicionamiento que estas utilizando para el elemento. Por ejemplo lo que yo acostumbro hacer es crear algo asi
Código:
<body>
< div id ="wrapper">
<div id="miDiv"></div>
</div>
</body>
Al div con id wrapper le definimos un posicionamiento relativo o absoluto segun lo necesites, este es la parte importante para lograr que tu elemento "miDiv" este posicionado siempre en relacion al elemento padre en este caso "wrapper" si no le defines un posicionamiento al elemento padre "wrapper"... el elemento del hijo "miDiv" se posicionara en relacion al elemento body. Es por eso que te cambia de posicion segun la resolucion del monitor ya que las coordenadas de inicio para el body cambian segun esa resolucion.
Espero que haya sido clara la explicacion, de momento y con lo que comentas es la unica causa posible que encuentro.