No, justamente al estar en un CDATA le estás diciendo: "lo que viene a continuación es código, y no debes interpretarlo", de forma que por eso no lo interpreta. Depende de qué código debe ir directamente dentro de la etiqueta que sea, pero según cuál, puede que sea mejor que le dés una característica única a esa etiqueta y luego añadas el código mediante la xslt.
En el ejemplo que ponías,
<root><pagina>
<titulo>quelindo</titulo>
<cuerpo>hola<b>que onda</b></cuerpo>
</pagina></root>
es posible hacerlo así sin que pase nada (todo depende de tu DTD), pero también sería posible separar lo que va en negrita en otra etiqueta y sacarla en negrita con la xslt, por ejemplo:
<root><pagina>
<titulo>quelindo</titulo>
<cuerpo>hola</cuerpo>
<saludo>que onda</saludo>
</pagina></root>
Y luego en la xslt añadir
<xsl:template match="saludo">
<b>
<xsl:apply-templates/>
</b>
</xsl:template>
Según qué quieras usar es mejor hacerlo de una manera o de otra, aunque en general es mejor la segunda.
Mikel.