Así es, es una restricción en la configuración del servidor FTP. En nuestro caso, que usamos cPanel y Pure FTP como servidor FTP es esto lo que hay que cambiar:
Cita: # 'ls' recursion limits. The first argument is the maximum number of
# files to be displayed. The second one is the max subdirectories depth
LimitRecursion 4000 8
Por si te sirve de ayuda al hablar con tu proveedor de hosting...