Esto es un problema de Ruby, no de Rails. Para que te entretengas, mírate la documentación de la clase String en Ruby, en concreto al método String#delete
http://corelib.rubyonrails.org/classes/String.html
La idea de poner tu función 'limpiar' en un helper es buena pero.. ¿por qué no invocarla al meter el registro en la base de datos? De esta manera en la BD ya tendrías los NIFs perfectamente formateados.