Ya, pero el classpath accesible desde consola puede no ser el mismo que desde un applet, ya que dependera del Java Plugin que ejecute el applet, que podria no ser el mismo que usas desde consola para ejecutar tu Frame, por ejemplo.
Aparte de applets, que parecen dar problemas, una opcion parece ser usar Java Web Start, con la ventaja de que tu aplicacion quedaria en cache y no se tendria que descargar cada vez. Además, haciendo algunas cosillas parece ser que hasta puedes hacer que se descargue la libreria nativa etc desde la red sin tener que pre-instalar javax-comm en el ordenador del cliente:
http://lopica.sourceforge.net/faq.html#comm