Cambio permiso y desaparece archivo

[estava]

Perdonad mi ignoriancia, pero hace muy poco que empecé con PHP. Tenía una web hecha con PHP, necesitaba modificar algunas cosas y no lo conseguía hasta que me aconsejaron que tal vez tenía que cambiar los permisos. Entre por ftp y cambié los permisos de dos carpetas (a 666), con la fortuna de que ambas desaparecieron. Ahora no se cómo recuperarlas. La web ha desaparecido, en su lugar sale un mensaje de error y a través del ftp puedo entrar en mi sitio, pero allí no encuentro las carpetas que modifiqué. ¿Alguién puede ayudarme?. Me olvidaba, intenté subir de nuevo las carpetas desaperecidas desde mi disco duro, pero no me deja.