Si queres hacer eso, creo que lo más indicado es que utilices phpMyAdmin, lo pongas en la carpeta de tu servidor actual (instalando y configurando lógicamente php). Luego configuras los parámetros del phpMyAdmin, te aseguras que funcione y remotamente podrías administrarlo solo haciendo algo como esto:
http://IP/phpmyadmin
Con eso y si lo tenes bien configurado, entrarías como si estuvieras local y todo se haría por el panel de phpmyadmin.