Mira, en mi caso, si utilizara campos autoincrement, sería SOLAMENTE en registros que se NUNCA voy a eliminar, como por ejemplo, registro de inventario, donde si un producto NO lo voy a seguir utilizando, NO lo borro, queda en el historial.
Si lo voy a utilizar en datos que van a ser volátiles (incluir, modificar, borrar), es mejor utilizar otro tipo de campo ya que el auto-increment NO me sería de utilidad.
Por ejemplo, si es registro de personas, utilizar el ID, cédula o identificador único de la persona e incluirlo manualmente.
Para tu caso y NO se lo que estas haciendo, NO lo veo funcional y menos, si es campo llave.
Si queres reiniciar el auto-increment, debes tener presente que va a iniciar en el número que le des de base y si el registro existe, va a duplicarlo, si es campo llave, vas a tener problemas al incluir registros.
ALTER TABLE tablaqueusaauto_increment AUTO_INCREMENT=1234
3.6.9. Using AUTO_INCREMENT