Hola,
El problema es que si incluyes a menu.php desde raiz/articulos/articulo1.php, y menu.php usa rutas relativas (como lo hace Dreamweaver)... buscara las imagenes y cualquier ruta relativa que use a partir de aca raiz/articulos/ y como las imagenes las tenes en el raiz, pues no las encuentra.
Si vas a usar ese mismo menu.php desde distintos directorios y mas aun si tiene imagenes... quiza te conviene usar rutas absolutas en dicho archivo...ej, al vincular una imagen:
http://tusitio.com/imagen1.gif. De esa forma, no importa desde donde lo incluyas, siempre va a funcionar.
La otra solucion es poniendo un menu.php en cada directorio donde quieras usarlo (junto con sus imagenes y lo que necesite para funcionar)... pero es una solucion mas chapuza jeje.
Suerte