Pues podrías, aprovechando que del form llega como string, usar str_replace() para quitar los puntos
algo así como
Código PHP:
<?
$n = '10.000';
$n = str_replace(".","",$n);
echo $n;
?>
guarda inicialmente lo que llegue del form en $n
Código PHP:
$n = $_POST["elcampo"];
y luego lo reemplazas por la cadena pasada por el str_replace
Código PHP:
$n = str_replace(".","",$n);
y en la base de datos guardas $n
No sé si habrá una mejor forma de hacerlo
saludos