Genera el HTML/Javascript que corresponda .. simplemente sería algo tipo:
Código PHP:
<?
// etc ...
$ultimo_id_generado=mysql_insert_id();
echo "<script languaje=\"javascript\">alert('".$ultimo_id_generado."')</javascript>";
?>
Lo mejor sería usar más javascript .. crear tu función javascript que haga el alert .. meterla en el "<head>" de tu página HTML creada y llamarla ante un evento (onLoad() de la página). Si tienes dudas con eso .. primero consulta en el foro de javascript como lo harías con algún dato de prueba estático ..
Un saludo,