Holas .....
no se si realmente lo que quieres es esto, pero con este pequeño codigo puedes insertar javascript en cualquier parte del codigo de php, ademas puedes mezclar las variables sin ningun problema.
si no es lo que necesita, explica de mejor forma tu error para poder ayudarte
Código PHP:
<?
echo <<<EOT
<script>
alert('Javascript desde PHP');
alert('$variable_de_php');
</script>
EOT;
?>