Código PHP:
<?
$devuelto= echo "<script>devuelto=confirm(¿Desea darse de baja?);</script>";
if($devuelto)
{
//dar de baja de mysql a ese usuario mediante un delete.
exit;
}else{
return false;
exit;
}
?>
No sé si es lo que buscas por que la función de javascript que pones no se si carga onload onclick, etc.. pero puedes adaptar lo que te pongo acá y cuentas haber como te va.
Un saludo