Tus checkbox deberías definirlos como un "array" usando []:
Código PHP:
<INPUT type="checkbox\" name=\"CertNum[]\" value=\"$renglon[CertNum]\">";
Así en tu script PHP de proceso recibiras un array con tantos elementos como checbox selecciones y en ellos el valor del "value" que le des a cada uno.
Un salduo,
Un saludo,