En realidad en tu caso particular no se trata de "guardar un valor de javascript a una variable PHP" .. entre otras cosas por qué javascript se ejecuta en el "lado del cliente" (en tu navegador) y PHP en el lado del servidor.
Para cuando javascript se ejecuta y obtiene tu valor .. PHP ya perdió el control de ese script.
Pero, lo que si que puedes hacer es llamar a tu URL que devuelve el dato (eso sí, en este caso con código Javascript por médio), capturar esa salida y procesar lo obtenido para quedarte sólo con lo que te interesa (de la cadena que obtendras en general).
Código PHP:
<?php
ob_start()
include("http://indicadores.latlink.net/variable.asp?valor=uf&fecha=-1");
$html=ob_get_contents();
ob_end_flush();
// en $html tienes lo que devuelve la ejecución directa de ese URL ..
// Como te comenté llega con javascript por médio que no te interesa, eso debes procesarlo para quedarte con lo que necesitas. Tratando el tema con funciones de cadenas o bien expresiones regulares (fijate que el dato va entre comillas .. así lo tienes más fácil).
?>
Más info sobre PHP y sus funciones para control del buffer:
http://www.php.net/manual/en/ref.outcontrol.php
Un saludo,