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Iniciado por javiroca 
Has la prueba ingresando la ruta completa a la carpeta que hace referencia el FTP.
Cuando enlaces a servidores FTP siempre escribo la ruta completa y funciona. Me imagino que esas ligas que tienes a FTP externos solo disponen de una ruta única.
Si, probe con una ruta absoluta y era lo mismo.
Al final lo he resuelto de la manera que menos me gusta. Colocando en el enlace un target="_blank"
Supongo que sera algun tipo de BUG de Explorer...
Muchas gracias javiroca