Que "antes" podrías incluir un archivo externo (por llamada HTTP:// aunque esté en el mismo "domino" o mejor dicho servidor en sí) .. depende de la configuración de PHP y tema concreto "allow_url_fopen"
más info:
http://www.php.net/manual/en/features.remote-files.php http://www.php.net/filesystem
El tema de las variables en el "include" no te entendí .. Si pretendes hacer:
include("./Carpeta/index.php?variable=valor");
es normal que no te funcione .. Debes comprender que haces cuando usas una llamada a un archivo por un "wrapper" (http:// .. ftp:// .. etc) o cuando lo haces por ruta "path" del sistema de archivos del servidor.
Cuando tu llamas a algo por http:// .. lo que incluyes es el resultado de ejecutar esa página/script por tu servidor HTTP.
Si lo haces por "path" (ruta absoluta) lo que incluyes es el "código fuente" de ese archvio para ejecutarlo todo como una entidad junto con el resto de código que tenga el script desde donde lo llamas.
Bajo ese concepto .. si tu quieres pasarle variables a un script llamado por "path" deberías hacer algo tipo:
Código PHP:
$variable="valor";
include ("./Carpeta/index.php");
Las variables las declararías -antes- de llamar al código de ese script . .recuerda que sería como hacer un "cut-and-paste" en ese punto (donde se usa el include()).
Si tu llamas a un script/página externa por http:// (wrapper) .. el paso de variables a esta lo haces por parámetro en el URL según define el standard CGI.
Un saludo,