gracias!
ya lo he puesto despues de cargar el pdf en el cuerpo de "if " y si funciona
esto es codigo final para todos quien tuve el mismo problema....
$uploaddir1 = 'manuales/';
$uploadfile1 = $uploaddir1 . basename($_FILES['pdf']['name']);
if(is_uploaded_file($_FILES['pdf']['tmp_name'])) {
// verifica haya sido cargado el archivo
if(move_uploaded_file($_FILES['pdf']['tmp_name'], $uploadfile1)) {
chmod($uploadfile1, 0775);
// se coloca en su lugar final
echo "<b>Upload exitoso!. Datos:</b><br>";
$manual=$_FILES['pdf']['name'];
echo "Nombre: <i><a href=\"manuales/".$_FILES['pdf']['name']."\">".$_FILES['pdf']['name']."</a></i><br>";
echo "Tipo MIME: <i>".$_FILES['pdf']['type']."</i><br>";
echo "Peso: <i>".$_FILES['pdf']['size']." bytes</i><br>";
echo "<br><hr><br>";
}
}