El problema está motivado por que tu servidor
también ha modificado el parámetro de register_globals:
Antes lo tenía a ON (lo que no es nada recomendable) pero te permitía recoger una variable en un script, que se había creado en otro, con sólo citar $variable ; este modo es inseguro y de ello hay bastantes hilos en este foro.
Ahora lo ha puesto a OFF y eso te obliga a utilizar los $_POST, $_GET, $_SESSION..., etc.
Tendrás que revisar todas las variables que pasabas entre distintos script.