El usuario root es el usuario para MySQL, preguntante lo siguiente...
¿Que pasaria si modifico tu codigo a algo similar a esto?
$i=0
while($i < 5){
$executa = "c:\\windows\\notepad.exe";
system($executa, $resultado);
//Notar que no incremento i en ningun mmomento, por lo tanto es un ciclo infinito
}
Si continuamos con tu filosofia, infinitas veces se abriria el Notepad en el servidor y esto podria llegar a hacerlo colapsar.
Es por esto que tu archivo php necesita los permisos de ejecución.
También es necesario que el usuario que usas tenga acceso al directorio c:\Windows.
Si no existiese esto, cualquier persona podrian borrar archivos de Windows desde una simple página en PHP y esto es algo q no se puede permitir.
Juega con tus permisos
