Si la relación es muchos a muchos, como parece que es el caso, necesitas la 3era tabla que relaciona el id de usuario con el id de la carpeta. Va de nuevo:
Código:
tbl_carpeta
---------------------------------
carpeta_id | carpeta_nombre
1 Musica
2 Videos
3 Utilidades
4 Pirateria
tbl_usuario
----------------------------
usuario_id | usuario_nombre
1 Administrador
2 Usuario 1
3 Usuario 2
xref_usuario_carpeta
------------------------------
usuario_id | carpeta_id
1 1
1 2
1 3
1 4
2 1
2 2
3 1
usuario_id 1 es el administrador, quien tiene acceso a todo.
usuario_id 2 se llama Usuario 1 y tiene acceso a Musica y Videos
usuario_id 3 se llama Usuario 2 y solo tiene acceso a Musica.
Saludos