Migrar NO tiene ninguna implicación o riesgo...
Las implicaciones y riesgo son el NO saber hacerlo y por consiguiente, ahí es donde ocurren la mayoría de errores y al pasar eso, nostros (los humanos) le hechamos toda la culpa a la BD o el medio usado para realizar esa tarea.
Consejo... Analiza bien los tipos de datos, tablas, relaciones, etc.; usados en access y buscar sus similares en MySQL.
Una forma facil de realizar la migración, es utilizando el mismo access, realizar una conexión ODBC a MySQL y tener la BD Access y MySQL en el manejador de Access. De esa forma podrías pasar tus datos tabla por tabla, realizar un export a la tabla de MySQL y a la ves, ir chequeando si todo va quedando bien.
Fijate en estos enlaces:
Instalar el driver ODBC para conectar con una base de datos MySQL MySQL Migration Toolkit