situación curiosa en sesiones php en apache

[Cluster]

Debes revisar como PHP está propagando el SID .. de hecho según tu problema no se está creando la cookie necesaria para propagar el SID en ella y por eso te ves obligado a propagar el SID manualmente en tus links y redireccionamientos (sobre todo de tipo header("location ..") y javascript ..).

Revisa tu php.ini:

Activar la propagación del SID en cookies exclusivamente:

session.use_cookies = 1
session.use_only_cookies = 1

Desactivar a PHP para que no propague el SID en en el URL (o mejor dicho que no "re-escriba" ciertos tag's HTML para incrustrar el SID en ellos):

session.use_trans_sid = 0
url_rewirte_tags = (nada ..)

Posteriormente debes revisar la configuración de tu navegador y revisar que este accepte las cookies que PHP pretende generar. Si PHP no puede generar la cookie para propagar el SID .. tu nuevo script PHP al iniciarse busca en una cookie el SID (pues así lo forzamos por configuración anteriormente) si no lo encuentra, entiende que estás creando una nueva sesión y por eso te genera otro archivo en el servidor con otro SID generado.

Un saludo,