Hola,
En la versión 4.0 MySQL ha agregado InnoDB a la lista de tipos de tablas soportados en una instalación típica, o estándar. MySQL 4.0 soporta cinco tipos de tablas: MyISAM, ISAM, HEAP, BDB (Base de datos Berkeley), e InnoDB. BDB e InnoDB son ambas tipos de tablas transaccionales.
Yo creo que no tendrías problemas para que funcione con MyISAM, el tipo de tabla más usada en estos momentos pero bueno si se pide InnoDB es para las transacciones.
Para convertir en tipo InnoDB es la siguiente sintaxis: ALTER TABLE
nombre_tabla TYPE=InnoDB
Saludos
