Hola de nuevo,
Pues parece tu caso es raro porque al instalar MySQL en Linux por defecto es InnoDB, pero bueno te doy la dirección web del faq oficial de MySQL:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/index.html ó postear tu duda en el foro oficial (si manejas el inglés mejor):
http://forums.mysql.com
Saludos
