Buena pregunta!
Entiendo que Google lo seguirá tomando como si fuera la misma web, pero también se me ocurre que vas a ser complicado hacerle entender a los buscadores que el sitio dejó de ser Temática A para pasar a ser Temática B.
Si los dos tratan sobre lo mismo quedate tranquilo porque eso pasa todo el tiempo con los rediseños y no trae consecuencias de ningun tipo mientras se sigan los parámetros normales.