Hola Lyra:
MySQL por defecto almacena las columnas de tipo DATE en el formato año - mes - día eso no lo puedes cambiar. Lo que puedes cambiar es el formato de salida y para eso es la función DATE_FORMAT la cual la puedes usar en las consulta SQL que haces en tu script de php.
Para mas detalles sobre los tipos de datos date, datetime y timestamp :
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/datetime.html