Bueno este if esta de más:
if (arreglo(i)<>"") then
Por que el arreglo siempre tendrá un valor
Si el usuario marco 3 casillas
Generará lo siguiente
Arreglo(1)="algo"
Arreglo(2)="algo"
Arreglo(3)="algo"
Es decir para que validar algo que siempre estara lleno
Por cierto sería bueno que pusieras un response.write arreglo antes de realizarle el split para ver que valores traen los checkboxes.
Saludos
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