Podría funcionar, siempre que dentro del archivo que incluís tengas todos los cambios que necesitás hacer.
De otra forma, si la idea es que el archivo se incluya por javascript, volvés a lo mismo: cuando se está ejecutando el javascript ya el php dejó de ejecutarse.
no conozco ninguna forma que no sea quizás pedir una imagen o algún otro archivo externo, que en realidad llame a (por ejemplo) archivo.php?res=1024, donde la variable 'res' la podés escribir con javascript
Luego podés simplemente mandar nada para que no haya errores en la lalmada al archivo (es decir, si usás algo como <img src="archivo.php?res=1024" >) Quizás en el foro de Javascript te puedan ayudar mejor. (o quizás revisando las FAQ de ese mismo foro)
Suerte y saludos.