A que te refieres con depurar código?
Podrías, por ejemplo, probar con
phpeclipse. Un plugin para
eclipse que es software libre y bastante completito.
El mismo grupo de desarrollo de eclipse está creando otro
plugin para php, solo que este no lo he probado. ¿Alguien lo ha hecho? ¿Ve diferencias?
Mira a ver si resuelven tus dudas.