Los mensajes SOAP de los Web Services pueden viajar en cualquier protocolo Web. Una alternativa buena es que uses HTTPS como protocolo de comunicación entre el cliente y servidor de los servicios web. Si estas usando Axis puedes echar un vistazo a esta página:
http://www.ftponline.com/javapro/200...lune_08_25_03/
En ella se detalla como configurar el cliente y servidor para que los mensajes SOAP viajen encapsulados en SSL
Un Saludo