No entiendo bien todo el montaje, ya que es un poco confuso así como lo dices (entiendo que es dificil explicar una aplicacion multithread, pero entenderla de una explicacion de texto lo es más
).
Sin embargo, como normal general el thread principal no debe quedarse nunca esperando y normalmente lo que hace es tener "Listener" que le notifican de eventos. Para cada "estimulo externo" que haga que te tengas que quedar esperando, lo suyo es crear un Thread que sea el que se quede bloqueado ahi y notifique a tu aplicacion principal cuando pase algo ( a través de un metodo o usando el modelo de los Listener ).
Así el thread principal siempre "responde" y los que se quedan colgados son Threads aparte (a través de Runnable o extendiendo Thread, es lo mismo).