Lo que sucede es que muchos se confunden respecto a esta opción, y eligen esa que mencionas de "reparar", la cual te envía a la consola de recuperación. Sin embargo si en vez de darle ahi luego luego, le das "enter" para instalar windows, cuando el cd empieza a buscar tus particiones, encuentra aquella en la q tienes el windows instalado, y te ofrece la opción de repararlo, y ahi si lo hace sin la consola, respetando tus archivos, lo unico q hace es restaurar los del sistema que faltan o que encuentre dañados.
No mencioné esto al principio porque crei que querías hacerlo con la consola forzosamente para aprender, jaja
Saludos