En realidad si, es muy sencillo, puedes hacerlo de diferentes maneras, una de ellas es hacer haciendo el render sin el fondo, osea que exportas a formato de película sin el fondo.
Otra es hacer el render en diferentes canales, uno de ellos debe ser el canal Alpha, así puedes separar las piezas después...
Ahora que si lo que quieres es editar una película que ya está hecha (que no es de tu autoría) se uede hacer con After Effects, solo que esto implicaría un delito, a menos que tengas derechos del autor para editar el video original :)
OK, espero que te sirba la info
