Ante todo gracias 
  
Un poco lioso si que es 

 ...  puede ser entonces que el error que me da tanto en Firefox como en IE 

 , sea debido a que cuando se carga una vez el link de   
 Código PHP:
    top.opener.top.frames['Inferior'].frames['Menu'].Operativa(variable); 
    
  para una segunda vez, ha perdido la referencia del "tio" (es decir de la ventana que abrió mi popup??) 
Muchas graciasssssss