Código PHP:
CREATE TABLE `prueba` (
`campo1` VARCHAR( 1 ) NOT NULL ,
`campo2` VARCHAR( 2 ) NOT NULL ,
`campo3` VARCHAR( 3 ) NOT NULL ,
`campo4` VARCHAR( 4 ) NOT NULL ,
`campo5` VARCHAR( 5 ) NOT NULL ,
PRIMARY KEY ( `campo1` , `campo2` ) ,
INDEX ( `campo3` , `campo4` , `campo5` )
) ENGINE = innodb;
En caso que las tablas estén creadas, utilizas ALTER TABLE y lo demás es igual.
Nota: Baja el manual de MySQL. Ahí esta TODO bien documentado. Otra alternativa, es realizar una búsqueda en Internet, esa es una gran enciclopedia